• Red multidisciplinaria para el desarrollo de la larvicultura marina de especies con ciclos de vida complejos. Etapa II.- Moluscos emblemáticos: pulpo del Norte (Octopus mimus), pulpo del Sur (Enteroctopus megalocyathus) y loco (Concholepas concholepas).DID-UACh. Núcleos de Investigación de Excelencia. 2019.2019-2021. Co-investigador.
• Evaluación de la aplicación de metodologías de evaluación indirecta de stock de pesquerías bentónicas como insumo para el manejo pesquero. FIPA 2017-55. 2017. Investigador Responsable.
• Spatial and bathymetric dynamics of Lithodes santolla (Decapoda, Lithodidae) (Molina 1782) in channels of southern Chile: Basis for fishery management. FONDECYT 1170507. 2016. Investigador Responsable.
• Diseño de estrategias para mejorar la gestión productiva del sector Pesca Artesanal Bentónico: Aplicación piloto en Raúl Marín Balmaceda. INNOVA Bienes Públicos. 2016. Investigador Responsable.
• Caracterización de la pesquería y evaluación del stock del recurso Pulpo del Sur en la X región. FIPA 2016-41. 2016. Investigador Responsable.
• Red multidisciplinaria para el desarrollo de la larvicultura marina de especies con ciclos de vida complejos. INLARVI. Etapa I.- Moluscos emblemáticos: pulpo del Norte (Octopus mimus), pulpo del Sur (Enteroctopus megalocyathus) y loco (Concholepas concholepas).DID-UACh. Núcleos de Investigación de Excelencia. 2015.2015-2018.Co-Investigador.
• Prospección y evaluación de la condición de bacos naturales de mitílidos en la zona sur-autral de chile. FIC 2014-57. Invistigador Principal.
• Actualización de la estimación de parámetros biológicos y de crecimiento de loco en las principales zonas de extracción, VIII a la XI Región», FIPA 2017-57. 2017. Coinvestigador.
• Actualización de Parámetros biológicos y de crecimiento de erizo en la X y XI regiones. FIPA 2014-08. 2014. Investigador Principal.
• Evaluación de los factores limitantes en el desarrollo de cultivos de mitílidos, para análisis de capacidad de carga, X Región de Los Lagos (2da Etapa). SUBSECRETARIA DE PESCA. 2013. Investigador responsable.
• Population dynamics of Mitylus chilensis in the Reloncaví Fjord: Scientific bases for mussel aquaculture FONDECYT 1130716. Investigador responsable.
• Diseño de una red de estaciones fijas de monitoreo para la pesquería del recurso erizo en la X y XI Regiones. FONDO DE INVESTIGACION PESQUERA (FIP2012-14). 2012. Investigador responsable.
• Desarrollo de herramientas de manejo para la planificación de cosechas de bancos naturales de recursos bentonicos contaminados con biotoxinas marinas. FONDEF MR 07|1007. 2008-2011. Coinvestigador.
• Evaluación de los factores limitantes en el desarrollo de cultivos de mitílidos, para análisis de capacidad de carga, X Región de Los Lagos (2da Etapa). SUBSECRETARIA DE PESCA. 2013. Investigador responsable.
• Coupling of physical and biological processes that sustain deep populations of Loxechinus albus over bathymetric features in northwest Patagonian Inland Sea. FONDECYT 1100931. 2010. Coinvestigador.
• Desarrollo de herramientas de manejo para la planificación de cosechas de bancos naturales de recursos bentonicos contaminados con biotoxinas marinas. FONDEF MR 07|1007. 2008-2011. Coinvestigador.
• Desarrollo de una unidad de investigacion  científico-tecnológica para estudios de dinamica poblacional de recursos bentonicos en aguas interiores del sur de chile. INNOVA-CHILE06FCO1|Pc-39. 2007-2011. Investigador responsable.

Listado de Consultorías:

• Estudio de biodiversidad marina bentónica del Área Marina Costera Protegida de Múltiples Usos (AMCP-MU) Pitipalena – Añihue. SEREMI del Medio Ambiente, región de Aysén. 2016. Investigador Responsable.
• Asesoría, Analisis y digitación de video-transectas. GEAM-GORE Aysén. 2018. Investigador Responsable.

Publicaciones Indexadas en ISI:

• Molinet, C; Astorga, M; Cares, L; Diaz, M; Hueicha, K; Marin, S; Matamala, T; Soto, D. 2021. Vertical distribution patterns of larval supply and spatfall of three species of Mytilidae in a Chilean fjord used for mussel farming: Insights for mussel spatfall efficiency. Aquaculture. Publicado. 0044-8486.
• Diaz, M; Molinet, C; Matamala, T; Diaz, R; Uribe, D; Diaz, PA; Paschke, K; Gebauer, P. 2021. Using a 3D image-based volumetric model to estimate fecundity in Lithodes santolla: A tool for improving Lithodidae crustacean monitoring. Fisheries Research. Publicado. 0165-7836.
• Paredes, LD; Landaeta, MF; Molinet, C; Gonzalez, MT. 2021. Modelling seasonal patterns of larval fish parasitism in two northern nearshore areas in the Humboldt Current System. Scientific Reports. Publicado. 2045-2322.
• Roa-Ureta, RH; Henriquez,J; Molinet, C. 2020. Achieving sustainable exploitation through co-management in three Chilean small-scale fisheries. Fisheries Research. Publicado. 0165-7836.
• Molinet, C., A. Olguín, P. Gebauer, P. A. Díaz, M. Díaz, T. Matamala, P. Mora, and K. Paschke. 2020. Upswing and expansion of the southern king crab (Lithodes santolla) fishery in Northwest Patagonia: Drivers, trends and opportunities for management. Regional Studies in Marine Science 34:101073.
• Contreras, C., E. Niklitschek, C. Molinet, P. Díaz, and M. Díaz. 2019. Benthic fauna associated with Loxechinus albus beds in Northwest Patagonia: spatial patterns and species archetypes. Marine Biodiversity.

Guía Tesis de Magíster 

1. 2019. Claudia Vargas. Análisis de la metodología de seguimiento de Áreas de Manejo y Explotación de Recursos Bentónicos (AMERBs) con bancos naturales de Mytilus chilensis y su relación con la captación de semillas. Magíster en Medio ambiente y Bioseguridad en Acuicultura. Universidad Austral de Chile.

Guía Tesis de Doctorado

1. 2017. Blanc Johnny. Cadmio en seston y factor de enriquecimiento [Cd SESTON] / [Cd M. chilensis] en el Mar Interior de Chiloé. Doctorado en Ciencias de la Acuicultura. Universidad Austral de Chile.